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应急车道停两分钟不算违停，但如果不符合规定的停车条件，就是属于违章。如果驾驶员在高速行车，因为身体疾病的原因不能再继续驾车行驶，这种情况下驾驶员将车辆停靠在应急车道上面是合法的，不会受到处罚。如果在高速上车子突然发生故障，这种情况下继续行车会危及到行车安全，此时占用应急车道是不会受到处罚的。
占高速应急车道怎么处罚
1、非紧急情况时走应急通道，罚款200元并扣除6分；
2、遇到故障等无法解决的问题，允许将车停在紧急停靠带内，开启危险报警闪光灯，在车后方150米处摆放警告标志，夜间、雨、雾等天气还应当同时开启示廓灯、尾灯和后雾灯，不处罚；
3、遇到故障等无法解决的问题，将车停在紧急停靠带内，未立即开启危险报警闪光灯并将故障车辆移到不妨碍交通的地方停放的；车辆发生故障或者事故后难以移动时，未按规定使用灯光并设置警告标志的，对驾驶人处以二百元罚款。
【法律依据】：《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》第四十四条
在道路同方向划有2条以上机动车道的，左侧为快速车道，右侧为慢速车道。在快速车道行驶的机动车应当按照快速车道规定的速度行驶，未达到快速车道规定的行驶速度的，应当在慢速车道行驶。摩托车应当在最右侧车道行驶。有交通标志标明行驶速度的，按照标明的行驶速度行驶。慢速车道内的机动车超越前车时，可以借用快速车道行驶。
在道路同方向划有2条以上机动车道的，变更车道的机动车不得影响相关车道内行驶的机动车的正常行驶。
第四十五条
机动车在道路上行驶不得超过限速标志、标线标明的速度。在没有限速标志、标线的道路上，机动车不得超过下列最高行驶速度：
（一）没有道路中心线的道路，城市道路为每小时30公里，公路为每小时40公里；
（二）同方向只有1条机动车道的道路，城市道路为每小时50公里，公路为每小时70公里。